外顯子組測序，是利用序列捕獲技術，將全基因組外顯子區域的DNA捕捉并富集后，進行高通量測序的基因組分析方法。在同樣的測序通量下，外顯子組測序針對目標區段的測序深度以及覆蓋度都高于全基因組重測序，因此該技術對于發生在外顯子區的常見和罕見的染色體變異具有很高的檢測靈敏度。其簡便、經濟、高效等特點，使其成為近年的熱門技術。

一、 捕獲平臺

Agilent SureSelect捕獲系統

      Agilent SureSelect Human All Exon V6人全外顯子捕獲系統，依托液相捕獲系統，采用120-mer的RNA作為“誘餌”探針，能夠高效地捕獲帶有SNV，InDel等突變的基因組序列。目前，該技術廣泛應用于癌癥等復雜疾病相關的遺傳變異研究中，并獲得了國際癌癥協會（ICGC）的鑒定認可。

SureSelect 人全外顯子 V6 高度優化的捕獲探針設計結合嚴格的捕獲工作流程，獲得的高的在靶效率能夠確保讀出序列對靶標的特異性映射，從而實現深度覆蓋。此外顯子組靶向包括難捕獲區域的相關數據庫的更新內容，可實現蛋白質編碼區域的全面分析。

技術優勢

1. 最全面的內容，適用于任何應用的外顯子組解決方案

• 包含相關數據庫的最新核心內容，可靶向包括難捕獲區域在內的更多外顯子
•  輕松添加用于轉化研究的 UTR、用于癌癥研究的 COSMIC，或用于特定應用的定制內容

2. 高覆蓋率、高深度測序，可準確的檢測出疾病相關的常見及稀有變異

二、 技術參數

• 樣品要求

         樣本類型：DNA樣品
         樣品濃度：≥50ng/μl
         樣品總量：≥2ug 

• 建議測序深度

         1、 Germline變異相關建議測序深度80X以上（單基因/復雜疾病研究）
         2、 Somatic變異相關建議測序深度150X以上（腫瘤癌癥研究）

• 項目周期

         測序實驗及基礎分析：35個工作日
 

三、 技術路線

四、 數據分析結果展示

a) 突變頻率分布圖

圖中展示了其中一個樣本在24條染色體上每兆（Mbp）區域類突變頻率分布，可以直觀看出該樣本在染色體上那些區域突變集中。綠色和紅色的是表示所有突變的頻率，其中紅色的表示在這1M區域內，target區域（試劑捕獲區域以及上下游25bp）小于500bp，藍色表示的是exonic上的突變頻率。

b) 突變功能分布圖

圖中展示了其中一個樣本突變功能分布情況。上方的餅圖表示在基因不同區域上(intron, exon, etc.)的變異所占的百分比；下方的餅圖表示在exon位置上不同變異類型所占的百分比。

c) 樣本拷貝數變異區間圖

其中右上角標注樣本名，圖中灰色的線條橫坐標是染色體位置坐標，縱坐標是平覆蓋度的z-score歸一化值，每折點是一個小的捕獲區間。灰色線條是參考對照的樣本的歸一化值變化情況，紅色或綠色代表該樣本的歸一化值變化情況，其中紅色表示DEL，綠色表示DUL。

d) 體細胞突變率及突變頻譜圖

圖形上方展示每對樣本體細胞突變數目，下圖展示每對樣本體細胞突變不同突變類型所占的比例。

e) 樣本體細胞突變heatmap圖

 

f) 體細胞突變富集分析圖

左邊縱坐標表示Go term，橫坐標是富集因子（Rich Factor = Gene number/Total Gene Number of the term）。每個圓圈的大小與在這個Go Term上的基因成正比，顏色與根據q-value的log值從紅到綠漸變，越紅，q-value值越低，富集越顯著。

g) 家系連鎖分析LOD連鎖圖及單倍型圖

左圖為LOD連鎖圖，通常，LOD值≥3被認為是兩個基因連鎖得確定證據（因為LOD值是以10為底的對數計算的，LOD值為3表明1000：1的機會，即所觀察到的連鎖不是偶然發生的）；LOD值≥2時，可能連鎖；-2<LOD值<2時，需要更多地家系資料，尚不能判別是否連鎖；LOD值<-2時，為不連鎖；右圖為致病位點單倍型圖，可以根據此圖判斷致病位點是否在家系患病成員中處于共分離狀態。

h) 曼哈頓圖(Manhattan Plot)

X-軸為基因組坐標，Y-軸為每個單核苷酸多態性的關聯P-值的負對數。

五、 研究方案 

• 基于全外顯子組測序的孟德爾遺傳疾病研究方案
• 基于全外顯子組測序的復雜疾病研究方案
• 基于全外顯子組測序的腫瘤驅動基因研究方案

單位介紹

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  公司的系統化技術平臺和高質量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優秀服務商”稱號。

  
  

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